2016년의 행복한학교는 우수 콘텐츠 발굴과 신사업 추진 센터 역할을 할 사회적협동조합 발족을 준비하고, 대전과 광주로 사업 지역 확대를 추진하며 사업의 지속가능성을 강화했다.

2016년 방과후학교 프로그램은 전국 100개교의 37,000여 명에게 제공되었으며, 행복한학교는 1,200여 명의 강사를 고용하여 일자리 창출에 기여했다.   

행복한학교는 프로그램 차별화와 사업 경쟁력 강화를 위해 행복한학교사회적협동조합을 설립하기로 하고, 2016년 한 해 동안 조합원 확보와 사업 지역 확대를 추진했다.

행복한학교사회적협동조합은 행복한학교가 2015년부터 사업 혁신성 강화를 위해 준비해온 것으로, 2017년부터 교육 분야 우수 사회적 기업들을 조합원으로 확보하여 우수 프로그램 발굴, 신사업, 사업 지역 확대를 추진한다는 계획이다.

이를 위해 행복한학교는 EBS, 미담장학회, 호남대 랄랄라스쿨과 MOU를 체결하고 교재 개발, 대전 및 광주 내 방과후학교 위탁사업 확대, 강사 연수 프로그램 운영, 신사업 전개 방안 등을 합의했다.

부산행복한학교가 부산시청, 부산교육청과 함께 추진한 '교육 희망 만들기 멘토 양성 사업'은 교육 사각지대 해소 및 청년 고용 촉진을 위해 마련된 청년 대상의 사업이다.

8월에 사업계획을 공개하고 2016년 하반기부터 실행하게 된 해당 사업은 부산시 내 미취업 청년 200명을 대상으로 초등학교 교육 멘토 기회 제공 및 취업 연계를 주요 내용으로 한다.  

이를 위해 부산교육청은 참여 청년들에게 사전 연수를 제공하여 관내 초등학교에 배치 시 창의력 향상 클래스, 독서 지도와 상담 등 아동의 학습 능력 향상과 정서 안정 프로그램을 전개할 수 있도록 지원했다. 뿐만 아니라 교육 멘토로 참여한 청년들에게 사업 참여 기간동안 자기소개서 작성법 및 모의면접 등 취업 역량 강화 프로그램을 제공함으로써 방과후 학교 인력 부족 뿐 아니라 청년 취업까지 해소할 수 있는 구조를 완성시켜 부산 내 청년들로부터 높은 관심과 참여를 만들어냈다.